Çocukluk çağında erkek çocuk babasıyla, kız çocuk ise annesiyle özdeşleşir. Bunun sonucu cinsel kimlik ayrışır ve gelişir.    

İlk aylardan başlayarak anne ve baba bebeğin cinsine uygun davranmaya özen gösterir. Kız çocuğunun saçına çiçekler takılır, renkli süslü kıyafetler giydirilir. Kız ve erkek çocukların oyuncak seçimleri farklılaşır. Kız çocuk “benim cici, tatlı kızım” diye sevilirken, erkek çocuk “benim aslan oğlum” diye övülür. Anneler erkek çocuklarına “ baban yokken evin erkeği sensin, beni sen koruyacaksın” derken kız çocuklarına “sen benim en iyi yardımcımsın” derler.    
                 Bazı ailelerde bu özdeşleştirme modellerinin daha ileri götürülerek uygulandığı görülür; küçük erkek çocuklarının bebekle oynamasına bile izin verilmez. Bu tür ailelerde klişeleşmiş erkeklik imgesi; sporcu, güçlü, suskun, estetik kaygılardan uzak bir portre çizmektedir. Bu çizilen portreye uymak için çaba sarfetse de başarılı olamayan çocukların, önemli ruhsal sorunlar yaşaması söz konusu olabilir. Erkek çocuğunun sanata-piyano çalmak, bale yapmak vb.- eğilimi olması ya da delikanlının severek yemek pişirmesi, kendi düğmesini kendisinin dikmesi kadınsı davranış olarak etiketlenir,kız gibi olduğu için alay edilir.          
                 Kadınsı davranış, bir erkeğin öteki cinse özgü davranışlarını alması, konuşması ve hareketleriyle öteki cinse benzemesidir.   
Erkek çocuğun sağlıklı cinsel kimlik kazanması; önünde yeterli bir ya da birkaç erkek örneğin olmasıyla ilişkilidir. İlk ve en önemli örnek şüphesiz ki babadır. Ancak örneği oluşturan babanın; oğlu ile yakın ve olumlu ilişki içinde bulunan bir baba olması gerekmektedir.

                  Babanın ilgisiz ve uzak ilişki içinde bir tavır sergilemesi, evden uzakta çalışıyor olması, bir görünüp bir kaybolan kişi olması durumunda; büyümekte olan erkek çocuk güç durumda kalabilir ve cinsel kimlik gelişiminde aksamalar oluşabilir. Bu tür durumlarda çocuğun benimseyebileceği amca, dayı, dede, erkek öğretmen vb. gibi modele ihtiyaç vardır.  
Ablalar, teyzeler, arasında büyüyen erkek çocukta cinsel kimlik ayrışması belirsiz kalabilir. 
Bazı ailelerde ise arka arkaya erkek çocukları olduğundan anne kız çocuk sahibi olmak ister ve sonuncu çocukta erkek olunca bilerek ya da bilinçsizce bu çocuğa kız çocuğu gibi davranılır; yanından ayırmaz, saçını uzatır, kurdele takar hatta elbise giydirir.

Ailelerin çocuklarını karşı cins gibi değerlendirerek buna uygun davranışlar geliştirmesi. Örn. Saçına toka takmak, etek giydirmek, kızlara erkek kıyafetleri giydirmek gibi.Sıklıkla çocuklarda cinsiyete uygun davranışlarda temel bulunduğu ortamda kendi cinsiyetininden birisini model alması ile gelişir. Çocuğun bulunduğu ortamda kendi cinsiyetinde bir model bulunmaması risk faktörü olabilir. Bu süreçte benzer şekilde model alınan kişininde kendi cinsiyetine uygun davranması gerekmektedir.

               Yapılan klinik çalışmalarda sıklığının erkek çocuklarında yaklaşık %3, kız çocuklarda %1 olarak saptanmıştır. Bu farklılıktan ailelerin sıklıkla erkek çocuklarının karşı cinse uygun davranışlarını daha fazla dikkat etmesinin sorumlu olduğu söylenilebilir. Diğer yönden yetişkin dönemi ile ilgili yapılan çalışmalarda cinsel kimlik bozukluğu sıklığının kadınlarda 100 000 de 1, erkeklerde ise 30 000 de 1 olduğunu göstermektedir. Her ne kadar bazı araştırmacılar tarafından bu süreçte net bir toplumsal veriye ulaşılamayacağı ifade edilmesine karşın, çocukluk dönemi ile kıyaslandığında oranın oldukça düşük olduğu aşikardır. Bu nedenle çocukluk döneminde görülen karşı cinse uygun davranışların daha iyi bir seyir gösterdiği söylenilebilir.

Her ne kadar pek çok aile tarafından cinsel kimlik ile ilgili sapmalar cinsel kimliğe uygun olmayan davranışlar ile karıştırılabilmesine rağmen bu iki farklı tanımlamanın birbirinden ayrımının yapılabilmesi gerekir. Cinsel kimlik çocuğun kendisini hissettiği cinsiyettir, cinsel davranış ise cinsiyetine uygun olan davranıştır. Diğer bir deyişle bir erkek çocuğu bebekler ile daha fazla zaman geçirmekten hoşlanabilir veya annesinin eşyalarına karşı daha ilgili davranabilir. Ancak bu çocuğun kendisini kız gibi hissettiğini göstermez.  

              Sıklıkla pek çok çocukta 3 yaşlarında cinsel kimlik anlaşılmaya başlanır. Bu yaşlar öncesinde her ne kadar ben kızım, ben erkeğim gibi ezberden ifadeler kullanılmasına rağmen bu yaşlardan sonrasında çocuklar kendi cinsiyetlerine özel davranışları geliştireceklerdir. Özellikle bu süreç bu davranışların tanımlanabilmesi için önemlidir. 2 yaşları civarında bir çocuğun annesine ait renkli eşyalara daha çok dikkat etmesi zaman zaman annesinin davranışlarını taklit etmesi sıklıkla normal olarak değerlendirilebilir (ayrıntılı bilgi için cinsel gelişim ile ilgili makaleden faydalanılabilir). Diğer yönden bu davranışların yaygın olarak görülmesi ayrıntılı bir değerlendirmeyi beraberinde getirmelidir.

Özellikle böyle bir süreç ile karşı karşıya kalan ailelerin en temel kaygısı bu sorunun hormonal değişikliklerden kaynaklanıp kaynaklanamayacağıdır. Bu konuda yapılan çalışmalarda bu sorunu yaşayan çocukların bedensel ve hormonal olarak sıklıkla yaşıtlarından belirgin farklılık göstermediği saptanmıştır. Diğer yönden bu süreç ile ilişkili pek çok farklı faktörden bahsedilebilir. Yapılan çalışmalarda ortaya çıkartılan risk faktörleri aşağıda sıralanmıştır; 
Bazen ev içerisinde baskın bir model olması cinsel kimlik karmaşasını tetikleyebilir. Bu süreçte çocuk ev içerisinde daha aktif olan ebeveyni model alarak ona benzer davranışlar geliştirebilir.        

               İlginç bir durum olarak bazı vakalarda aşırı kaygılı çocuklarda anneye aşırı bağlanma ve özdeşim kurma sonucu benzer bir süreç gözlenebilir. Diğer yönden sıklıkla bu çocuklar erkeklerin göreceli olarak daha hareketli oyunlarını oynamaktan uzak durma eğilimi gösterecektir. Bu nedenle çevrelerinde kız arkadaşlarının sayısının artması belirgin olarak bu süreci destekleyebilir.    
Bazı anneler ise erkek çocuğa karşı çok koruyucu ve kollayıcı davranır. Çocuğuna vuracaklarından, döveceklerinden korktuğu, kaba ve saldırgan davranışlar öğrenmesinden çekindiği için onu erkek arkadaşlarından uzak tutar. Çocuk annesinin dizinin dibinde edilgen, uysal ve güvensiz olarak büyür. Bu nedenle erkek çocuklarla kaynaşamaz, oyunlarına katılamaz ve kendine yakın bulduğu kız çocuklarına yönelir. Bu durum annenin çok hoşuna gider, “Benim oğlum kız gibi çok uslu” diye sevinir. 
Olumlu bir baba örneğinden yoksun kalma durumu ya da hatalı anne-baba tutumları erkek çocuğun cinsel kimlik ayrımında önemli rol oynar.               
Yapılan araştırma sonuçlarında eşcinsellerin geçmişlerinde 10 yaş öncesi boşanma ya da ölüm nedeniyle babasız büyüme öyküsüne rastlanmaktadır. Yine araştırma sonuçlarına göre eşcinsellerin büyük çoğunluğunun çocukluk dönemlerinde; kız gibi giyinme, kız oyunları oynama ve erkek çocuklarla arkadaşlık kuramama gibi özellikler gösterdiği bilinmektedir.
              Elbette çocuğun, kız çocuklarının oyuncaklarına ya da oyunlarına meraklı olması, tek başına bir ölçü olamaz ancak bunun ileriki yaşlarda da devam etmesi durumunda dikkatli olunmalıdır. Çocukların sağlıklı cinsel kimlik ayrışımı yaşamasında en önemli unsurun anne-baba tutumları ve ilişkileri olduğu unutulmamalıdır.

Kız çocuklarındaki cinsel eğilim bozukluğunun sebepleri daha farklıdır. Şiddet baskı taciz, dışlama  ve küçük görme gibi durumların sonucu ve cinsel gelişimin yaşandığı dönemlerde anlaşılamamadan kaynaklanmaktadır.

               Bu konuda aceleci ve suçlayıcı bir tutumdan uzak durulmalıdır. Daha önce bahsedildiği gibi sıklıkla 3 yaş öncesindeki çocukların daha renkli bayan eşyalarına daha ilgili olması doğaldır. Diğer yönden bu yaş çocuklarının cinsel kimliklerini anlamlandırabilmesi mümkün değildir. Çocuklarda görülen cinsel kimlik ile ilgili sorunlarda yaklaşım bu süreci arttırabilecek faktörlerin ortamdan uzaklaştırması ile başlar. Özellikle ev içerisinde fiziksel veya eylemsel olarak var olmayan ebeveynin bu sürece ortak edilmesi gerekir. Bu mümkün değilse çocuğa model oluşturabilecek farklı bir kişi seçilebilir. Bu süreçte çocuğun mümkün olduğunca kendi cinsiyetinden çocuklarla temasının arttırılması, hemcinslerinin daha belirgin ilgi gösterdiği alanlara yönlendirilmesi önemlidir. Anne ve babaların bu duruma neden olabilecek olası sebeplerin saptanabilmesi için profesyonel yardım alması uygun olacaktır. Bu süreçte uygulanabilecek terapiler çocuğa yetişkin yaşamında daha sağlıklı bir süreç sağlayabilir.